Viện Vật lý kỹ thuật là đơn vị đầu tiên xây dựng theo mô hình Viện trong Trường Đại học. Do đó, ngoài chức năng đào tạo, Viện còn có chức năng nghiên cứu khoa học và chuyển giao Công nghệ.
Trong Trường ĐHBK Hà Nội, Viện ký thỏa thuận hợp tác với các đơn vị: Viện ITIMS, Viện Kỹ thuật Hóa học, Viện Khoa học và Kỹ thuật vật liệu, về việc sử dụng chung các thiết bị – cùng khai thác có hiệu quả cơ sở vật chất. Viện cũng hợp tác với Viện AIST, Viện ITIMS trong việc xây dựng chương trình Đào tạo Thạc sỹ phối hợp giữa ba đơn vị.
Viện VLKT có nhiều hợp tác với các đơn vị nghiên cứu, lao động sản xuât ngoài Trường như: Viện Khoa học vật liệu (IMS), với các Trường ĐH, Cao đẳng trong nước (ĐHQG Hà Nội, ĐHQG TPHCM, ĐH Công nghệ…), với nhà máy M1 – Bộ Quốc Phòng, nhà máy Rạng Đông, công ty Heasung Vina…